Образовательная организация была основана в 1838 году как церковно-приходское училище в с. Кстинино.
В 1957 году школа получила статус средней общеобразовательной.
Постановлением администрации Кирово-Чепецкого района от 29.12.2010 года создано Муниципальное казенное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа с. Кстинино Кирово-Чепецкого района.
В 2021 году школа заняла 3 место в рейтинге образовательных организаций Кирово-Чепецкого района.
В 2024 году на основании Постановления № 170 от 16.09.2024 Администрации Кирово-Чепецкого района Кировской области изменен тип Муниципального казенного общеобразовательного учреждение средняя общеобразовательная школа с. Кстинино Кирово-Чепецкого района Кировской области (МКОУ СОШ с. Кстинино) на муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа с. Кстинино Кирово-Чепецкого района Кировской области (МБОУ СОШ с. Кстинино).